A genetically anchored physical map of barley chromosome 2H

Abstract

Das Ziel meiner Arbeit war die Erstellung einer physikalischen Karte der Gerstenchromosoms 2H, welche auf genetisch verankerten BACs (Bacterial Artificial Chromosome) basiert. Die vorliegende Studie ergänzt die aktuellen Anstrengungen eine genomweite, genetisch verankerte physikalische Karte der Gerste zu erstellen und wurde im Rahmen des „International Barley Genome Sequencing Consortium“ (IBSC) durchgeführt. Die experimentellen Ansätze umfassten eine PCR-basierte und eine indirekte, in silico Verankerungsstrategie. Erstere beruhte auf dem Screening von DNA-Pools, die aus BACs mit genetisch oder in silico kartierten molekularen Markern stammten. Für dieses Screening wurden 1842 STS-Marker (Sequence Tagged Site) entwickelt und eingesetzt. Insgesamt wurde ein Satz aus 427 physikalischen BAC Contigs auf dem Chromosom 2H der Geste verankert. Ein Vergleich der Ergebnisse meiner Arbeit mit den Daten des IBSC zeigte, dass 75% des Gerstenchromosoms 2H auf der physikalischen Karte verankert wurden. Insgesamt liefert die vorliegende Studie die erste verankerte, physikalische Karte des Gerstenchromosoms 2H und dient als Startpunkt für die Sequenzierung des Chromosoms 2H. Darüberhinaus kann diese Karte genutzt werden, um effizienter Gene bzw. Merkmale aus Gerste zu isolieren und die molekulare Gerstenzüchtung zu verbessern.