DSpace Collection:https://opendata.uni-halle.de//handle/497920112/1598832024-03-28T08:10:00Z2024-03-28T08:10:00ZThe functional characterization of mammalian non-coding Y RNAs - [kumulative Dissertation]Köhn, Marcelhttps://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/83652023-12-07T07:33:50Z2015-01-01T00:00:00ZTitle: The functional characterization of mammalian non-coding Y RNAs - [kumulative Dissertation]
Author(s): Köhn, Marcel
Abstract: Diese Arbeit behandelt die Charakterisierung der nicht-kodierenden Y RNAs. Es wurden RNA pulldowns durchgeführt, um Y RNA-assoziierte Proteine zu identifizieren (z.B. das IGF2 mRNA-bindingprotein 1). Des Weiteren wurde gezeigt, dass mRNA-Prozessierungsfaktoren mit Y RNAs interagieren. Die Depletion von Y RNAs mittels antisense oligonucleotides (ASOs) verursachte Histone-spezifische Prozessierungsdefekte. Y3’s Rolle in der 3’-Endprozessierung ist nicht konserviert in der Maus, welches im Fehlen der kleineren Y3-Form Y3** begründet liegt. ASO- vs. siRNA-vermittelte Y3**-Depletion bestätigte die Rolle dieser RNA in der Histon-Prozessierung. Während Y3 und Y3** mit Prozessierungsfaktoren interagieren, kann nur Y3** mit Histon-mRNAs assoziieren. Außerdem beeinträchtigte die Depletion von Y3** die Morphologie/Dynamik von histonelocusbodies (HLBs). Zusammenfassend konnte gezeigt werden, dass Y3** Histone-mRNAProzessierung fördert, indem sie Prozessierungsfaktoren zu HLBs rekrutiert.; This thesis focused on the characterization of non-coding RNAs called Y RNAs.To identify Y RNA-associated proteins we performed RNA pulldowns. This identified Y RNA-binding proteinsincluding the IGF2 mRNA-binding protein 1. Furthermore we identified the association of mRNA processing factors with Y RNAs. Y RNA depletion by antisense oligonucleotides (ASOs) caused processing defectsspecific for histone mRNAs. Y3’s role in the 3’-end processing of histone mRNAs is not conserved in mouse, which is caused by the lack of a smaller Y3-variant, termed Y3**.ASO- vs. siRNA-directed depletion of Y3** revealed Y3** to be involved in histone mRNA processing. Furthermore,while Y3 and Y3**associate with processing factors, just Y3**associates with histone mRNAs. The depletion of Y3** impaired the morphology/dynamics of histone locus bodies (HLBs). In conclusion, these findings indicate that Y3** promotes processing of histone mRNAs acingas scaffold to recruit processing factors to HLBs.2015-01-01T00:00:00ZCytogenetic analyses of the genus Genlisea, which is characterized by striking genome plasticityTrung, Tran Duchttps://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/82982023-12-07T05:57:16Z2015-01-01T00:00:00ZTitle: Cytogenetic analyses of the genus Genlisea, which is characterized by striking genome plasticity
Author(s): Trung, Tran Duc
Abstract: Die fleischfressenden Angiospermen-Gattung Genlisea ist durch beträchtliche Genomgrößenunterschiede (von der Hälfte der Genomgröße von Arabidopsis thaliana bis zum 27-fachen davon) gekennzeichnet. Mit dem Ziel, zytologische Merkmale zu beschreiben, wurden die nukleäre Verteilung der Methylierungsmarkierungen, die Chromosomenzahlen und die rDNA loci für zwei Arten der Untergattung Genlisea untersucht. Unter Nutzung von Genom-Sequenzierungsdaten für beide Arten mit 18-fachem Genomgrößenunterschied wurden ein Tandem-Repeat für G. nigrocaulis und eine Retroelement–Familie für G. hispidula als Hauptbestandteile der pericentromerischen Regionen identifiziert. Zwei neue Telomersequenz-Varianten wurden gefunden, die die verlorenen kanonischen TTTAGG-Repeats an den Chromosomenenden von G. hispidula ersetzen. Weiterhin wurde die Mehrzahl der Chromosom von drei Genlisea-Arten mittels FISH unter Verwendung chromosomenspezifischer Sonden identifiziert. Die gewonnenen Daten bilden die Grundlage für umfassende Karyotyp-Evolutionsstudien in der Gattung Genlisea.; The carnivorous genus Genlisea is characterized by one of the largest genome size differences recorded for Angiosperm genera ranging from half of that of Arabidopsis thaliana to 27-fold larger. This trait, together with the variation of chromosome numbers, makes the genus Genlisea a unique model for studying genome and karyotype evolution. Aiming to describe cytological features, sub-nuclear distribution of methylation marks, chromosome numbers and chromosomal distribution of rDNA were characterized for species of the subgenus Genlisea. Utilizing whole genome sequencing data, a tandem repeat and a retroelement family were demonstrated to be associated with the pericentromeric regions of G. nigrocaulis and G. hispidula, respectively, with an 18-fold genome size difference. Moreover, two novel telomere variants were found replacing the canonical TTTAGG repeat at the chromosome ends of G. hispidula. Furthermore, the majority of chromosomes of three Genlisea species were identified by FISH using chromosome-specific probes. The obtained data provide a basis for comprehensive karyotype evolution studies in Genlisea.2015-01-01T00:00:00ZEpigenetische Kontrolle meiotischer Rekombination und Kartierung neuer Su(var)-Gene in Drosophila melanogasterGebhardt, Kathleenhttps://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/78112023-12-06T10:44:11Z2012-01-01T00:00:00ZTitle: Epigenetische Kontrolle meiotischer Rekombination und Kartierung neuer Su(var)-Gene in Drosophila melanogaster
Author(s): Gebhardt, Kathleen
Abstract: Die Neukombination väterlicher und mütterlicher Gene wird während der Meiose durch den Prozess der homologen Rekombination vermittelt. Heterochromatin hat als ein regulatorischer Aspekt meiotischer Rekombinationsprozesse einen negativen Effekt auf Crossover, wodurch eine signifikante Reduktion von Rekombinationsereignissen vor allem in heterochromatischen Bereichen stattfindet. Somit sollten Faktoren, die die Chromatinstruktur beeinflussen, folglich auch die Crossoverfrequenz verändern. Diese Faktoren können bei Drosophila melanogaster durch das System der Positionseffekt-Variegation (PEV) identifiziert werden. Eine Vielzahl der PEV-Faktoren zeigt in diesem Zusammenhang einen rekombinogenen Effekt auf das perizentrische Hetereochromatin. In der vorliegenden Arbeit sollen am Modellsystem Drosophila melanogaster mit Hilfe genetischer, immunzytologischer und molekularbiologischer Analysen epigenetische Prozesse aufgeklärt werden, die die meiotische Rekombination beeinflussen. Weiterhin wurden neue Kartierungsmethoden zur effizienten Identifizierung neuer epigenetischer Faktoren etabliert.; The new combination of paternal and maternal genes is arranged by the process of homologous recombination during meiosis. As its regulatory aspect of meiotic recombination heterochromatin has a negativ effect on crossover, whereby a significant reduction of crossover occur in heterochromatic regions. Consequently factors, which influence chromatin structure, should therefore also change crossover frequency. These factors can be identified by the system of position effect variegation (PEV) among Drosophila melanogaster. In connection with this, a variety of PEV factors show recombinogentic effects on pericentric heterochromatin. The present work consists in resolution of epigenetic processes controlling meiotic recombination by genetic, immunocytological and molecular analysis using the Drosophila melanogaster model system. Furthermore new mapping methods were established for efficient identification of new epigenetic factors.2012-01-01T00:00:00ZDas unbekannte Chromatin? - Analysen zur epigenetischen Regulation in Keimbahnzellen von Drosophila melanogasterMietzsch, Sandyhttps://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/78092023-12-06T10:42:01Z2012-01-01T00:00:00ZTitle: Das unbekannte Chromatin? - Analysen zur epigenetischen Regulation in Keimbahnzellen von Drosophila melanogaster
Author(s): Mietzsch, Sandy
Abstract: Die epigenetische Regulation der Genexpression durch Chromatin- Faktoren ist während der gesamten Entwicklung ein zentraler Prozess, der die Differenzierung verschiedener Zelltypen kontrolliert. Über die Regulation und Organisation des Keimbahnchromatins ist in Drosophila sehr wenig bekannt. Die frühen (PGC) und späten (GSC) Keimbahnzellen weisen Unterschiede im Chromatinaufbau auf. Die H3K9 spezifischen KMTasen SU(VAR)3-9 und dSETDB1 zeigen eine entwicklungsspezifisch kontrollierte Aktivitäten in der Keimbahn, wobei der Verlust von dSETDB1 in adulten Weibchen zu rudimentären Ovarien führt. Auch die durch E(Z) katalysierte H3K27 Methylierung besitzt eine wichtige Funktion in der Keimbahnentwicklung und führt bei Verlust zu sehr stark reduzierten Ovarien in adulten Weibchen. Immunzytologische Analysen zeigen außerdem eine vielfältige Funktion des Ecdysonrezeptor-Koaktivators TAIMAN in der Keimbahn. Es existieren offensichtlich mehr molekulare Wege des Gensilencings in der Keimbahn als im Soma, die durch genetische Analysen gezeigt sind.; Epigenetic regulation of gene expression by chromatin factors is a central process during entire development controling differentiation of various cell types. In Drosophila almost nothing is known about regulation and organisation of germ line chromatin. Early (pgc) and late (gsc) germ cells show differences in chromatin structure. H3K9 specific KMTases SU(VAR)3-9 and dSETDB1 show differential controlled activities in germ line during development. Loss of dSETDB1 leads to rudimentary ovaries in adult females. Also E(Z) catalyzing H3K27 methylation is very important in germ line development. Loss of this protein also leads to strongly reduced ovaries in adult females. Immunocytological analysis also show a manifold function for EcR coactivator TAIMAN in germ line. Apparently more molecular ways of gene silencing are existing in germ line than in soma as shown by genetic analysis.2012-01-01T00:00:00Z