DSpace Collection:
https://opendata.uni-halle.de//handle/497920112/159889
2024-03-28T21:45:01ZComparative cytology and cytogenomics for representative species of the five duckweed genera
https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/13703
Title: Comparative cytology and cytogenomics for representative species of the five duckweed genera
Author(s): Phuong, Hoang Thi Nhu
Abstract: Für die elf getesteten Arten wurde i) ein 14-facher Genomgrößenunterschied (von 160 bis 2203 Mbp, ii) eine positive Korrelation zwischen Genomgröße einerseits und Kern- und Zellvolumen andererseits, jedoch iii) keine Korrelation zwischen Genomgröße und artspezifischer Chromosomenzahl, bzw. Zahl der 5S/45S rDNA loci festgestellt. Fünf erhebliche Abweichungen zwischen der cytogenetischen Karte für den Klon 7498 und der optischen Bionano-Karte für Klon 9509 wurden auf fehlerhafte bzw. unvollständige Assemblierung in beiden Karten zurückgeführt und korrigiert. Fluoreszenz-in situ-Hybridisierung mit 106 BACs ergab keine Hinweise auf Genom-strukturunterschiede zwischen sieben getesteten klonalen Akzessionen von S. polyrhiza. Chromosomenhomöologie und Strukturumbauten zwischen den beiden Arten der Gattung, S. polyrhiza (2n = 40) und S. intermedia (2n = 36) ergaben komplexe Umbauten, die 10 Chromosomenpaare von S. polyrhiza und 8 von S. intermedia, betrafen. Alternative Szenarien für die Karyotypevolution innerhalb der Gattung wurden vorgestellt.; For the eleven tested duckweed species: (1) a ~14 fold genome variation (from 160 to 2203 Mbp) was measured; (2) a positive correlation between genome size and cell and nuclear volume was found; (3) Species-specific chromosome as well as 5S/45S rDNA loci numbers were not correlated with genome size. Five major discrepancies between the S. polyrhiza cytogenetic map (clone 7498) and BioNano map (clone 9509) due to mis-assemblies or incompleteness in former studies were resolved. No clone-specific chromosome rearrangement was detected between seven tested S. polyrhiza clones after FISH with 106 BACs. Chromosome homeology and rearrangements between S. intermedia (2n = 36) and S. polyrhiza (2n = 40) were studied and revealed complex rearrangements involving 10 chromosome pairs of S. polyrhiza and 8 of S. intermedia. Alternative scenarios of karyotype evolution within the genus Spirodela are supposed.2019-01-01T00:00:00ZHigh copy sequences reveal the unique composition and evolution of the rye B chromosome
https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/8057
Title: High copy sequences reveal the unique composition and evolution of the rye B chromosome
Author(s): Klemme, Sonja
Abstract: B Chromosomen (Bs) sind überzählige Chromosomen, die zwischen Individuen einer Spezies in ihrer Anzahl variieren können. Da die Bs entbehrlich sind und ihre Vererbung unabhängig von den Mendelschen Gesetzen ist, darf man annehmen, dass ihre Evolution einen anderen Weg beschreitet als die der A Chromosomen (As). Dies ist auch ersichtlich in der Zusammensetzung ihrer repetitiven DNA. Wir geben Einsicht in die Zusammensetzung und Verteilung von stark amplifizierten Sequenzen auf dem B von Roggen (Secale cereale L.). Die auf dieser Arbeit beruhende zytologische Karte des Roggen-Bs liefert ein nützliches Werkzeug für zukünftige Studien zu diesem rätselhaften Chromosomentyp. Unter anderem haben wir die Möglichkeit etabliert, das B während der Interphase zu markieren. Unsere Erkenntnisse heben die Unterschiede zwischen A und B Chromosomen hervor. Obwohl Bs ursprünglich von As abstammen, haben sie seither einen eigenen Evolutionsweg eingeschlagen und sind daher ein wertvolles Werkzeug zur Erforschung der Chromosomenevolution.; B chromosomes (Bs) are supernumerary chromosomes that vary in number between individuals of the same species. Because of the dispensable nature of the Bs and their non-Mendelian inheritance, one might assume the B followed a different evolutionary pathway than the A chromosomes (As). This is reflected by differences in their highcopy DNA constitution. We provide a deep insight into the composition and distribution of rye (Secale cereale) B-located high-copy sequences. This work provides a cytogenetic map of the rye B chromosome. This map may serve as a tool for further research on this enigmatic chromosome type. We established the possibility to reliably identify Bs during interphase. Our findings highlight the differences between A and B chromosomes. Although Bs originated in As, they have taken a separate evolutionary pathway and are an invaluable research tool for studies on chromosome evolution.2013-01-01T00:00:00ZPopulation and quantitative genetic analysis of auxin response pathways in Arabidopsis thaliana
https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/7872
Title: Population and quantitative genetic analysis of auxin response pathways in Arabidopsis thaliana
Author(s): Ullrich, Kristian Karsten
Abstract: Pflanzenwachstum und -entwicklung wird primär durch Pflanzenhormone beeinflusst. Das Pflanzenhormon Auxin spielt in fast allen diesen Wachstums- und Entwicklungsprozessen eine Rolle. In der vorliegenden Arbeit wurde die natürliche Variation von Wachstumsprozessen nach Auxinbehandlung in jungen Keimlingen von Arabidopsis thaliana betrachtet. Im Kontext der adaptiven Selektion wurden quantitativ genetische Methoden genutzt und mit einer populationsgenetischen Analyse kombiniert, um Gene zu identifizieren, die zur observierten phänotypischen Variation beitragen. In der populationsgenetischen Analyse wurden 151 Gene betrachtet, die die Auxin-Biosynthese, den Auxin-Metabolismus, den Auxin-Transport und die Auxin-Signaltransduktion regulieren. Um Merkmale der Auxin-Antwort auf funktioneller Ebene zu analysieren, wurden quantitativ-genetische Untersuchungen wie "Quantitative Trait Loci" (QTL) Analysen und genomweite Assoziationsstudien (GWAS) durchgeführt. Im Allgemeinen scheint die genetische Architektur, die die phänotypische Variation innerhalb der untersuchten Populationen beeinflusst, sehr komplex und überwiegend reguliert von genetischen Regionen mit kleinem Effekt zu sein. Während womöglich die komplexe Architektur des Auxinnetzwerkes die Identifizierung von genomischen Regionen mit starkem Effekt verhinderte, wurden einige vielversprechende Kandidatengene und genomische Regionen identifiziert, die zukünftig funktionell validiert werden müssen.; Plant hormones are primary regulators of plant growth and development. The phytohormone auxin is related to almost all of these growth-related processes. In this thesis, I studied naturally occurring variation of growth-related traits in young Arabidopsis thaliana seedlings upon auxin treatments. In the context of adaptive selection, different quantitative genetic approaches were used and combined with the results of a population genetic study to identify genes, which might contribute to the observed phenotypic variation. The population genetic analysis included a total of 151 genes known to regulate auxin biosynthesis, metabolism, transport and signaling. To analyze auxin response traits on a functional level, quantitative genetic analyses like quantitative trait loci (QTL) mapping and genome-wide association (GWA) mapping were conducted. In general, the genetic architecture regulating the phenotypic variation in the investigated populations seems to be very complex and dominated by small effect loci. Taken together, while the complex architecture of the auxin network probably prevented the identification of large effect loci, some promising candidate genes and genomic regions were identified which require future functional validation.2013-01-01T00:00:00ZFunctional diversity in a subtropical forest based on anatomical and morphological species traits
https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/7525
Title: Functional diversity in a subtropical forest based on anatomical and morphological species traits
Author(s): Böhnke, Martin
Abstract: Studien, die auf Pflanzenmerkmalen beruhen, sind zu einem essentiellen Bestandteil der Biodiversitätsforschung geworden. In der vorliegenden Dissertation wurden anatomische und morphologische Blatt- und Holzeigenschaften gemessen, zum einen mit dem Ziel, die Beziehungen solcher über eine Pflanzengesellschaft gemittelten Merkmale zu Umweltvariabeln zu ermitteln, und zum anderen, um die Merkmalsvariation zwischen Arten innerhalb einer Pflanzengesellschaft zu bestimmen. Entlang einer Sukzessionsreihe wurde analysiert, welche der Merkmale mit dem Sukzessionsgrad korrelieren und welche der Pflanzen- und Umweltcharakteristika besonders wichtig für den Merkmal-Umwelt-Zusammenhang sind. Darüber hinaus präsentiert diese Dissertation einen neuen Ansatz, um den Einfluss von Artenreichtum, Arten- und Merkmalsidentität auf funktionelle Diversität (FD) in Pflanzengemeinschaften zu bestimmen. Ein weiteres Ziel dieser Arbeit war, die durchschnittlichen Pflanzenreaktionen und Plastizitätsindizes in Relation zu anderen Charakteristika (z.B. Laubtyp, ontogenetisches Stadium und Arthäufigkeit) zu setzen.; Trait-based approaches have become an essential field in biodiversity research. In this dissertation, anatomical and morphological leaf and wood traits were measured with the objective to investigate, on the one hand, trait-environment relationships of community mean trait values, and on the other hand, trait variation among species within communities. Along a succession series it was analysed which traits were correlated with successional stage and it was asked which traits and which environmental factors were particularly important for the trait-environment relationship. Furthermore, this dissertation presents a new trait-based approach to disentangle the effects of species richness, species identity and trait identity on functional diversity (FD) in communities using null models. It was also the aim of this thesis to relate mean responses and plasticity indices to species characteristics such as leaf habit, ontogenetic stage and local frequency in forest communities.2011-01-01T00:00:00Z