Study of small non-coding RNAs in plants by developing novel pipelines

Abstract

Aufgrund der moderaten Größe von kleinen RNA-seq-Datasets wird der Webserver plantDARIO eingeführt, um eine umfassende Analyse für small non-coding RNAs (sncRNAs) zu ermöglichen, die wesentliche Änderungen zur pflanzenspezifischen sncRNA-Verarbeitung beinhalten. Während der Analyse werden kleine nukleolare RNAs (snoRNAs) als die ältesten sowie konservierten Familien unter nicht-Protein-kodierenden RNAs gefunden. Daher wird ein anspruchsvoller Ansatz angewandt, um die phylogenetische Verteilung einzelner snoRNA-Familien in Pflanzen darzustellen, und 296 Familien von snoRNAs in 24 Arten werden identifiziert, um ihre Evolution im gesamten Pflanzenreich zu verfolgen. Um neben neuartige snoRNAs und deren Erhaltung zu finden, werden der plantDARIO Webserver und der anspruchsvolle Ansatz gemeinsam umgesetzt. Als Ergebnis werden 11 neuartige snoRNA-Familien in 9 Kasten-C/D-SnoRNA-Familien und 2 Kasten-H/ACA-SnoRNA-Familien zusammen mit ihren Zielen identifiziert.

Due to the moderate size of small RNA-seq datasets, webserver plantDARIO is introduced in order to provide comprehensive analysis for plant small non-coding RNAs (sncRNAs) which includes major modifications to cope with plant-specific sncRNA processing. During analysis, small nucleolar RNAs(snoRNAs) are found to be the most ancient as well as conserved families amongst non-protein coding RNAs. Hence, a sophisticated approach is applied to chart the phylogenetic distribution of individual snoRNA families in plants and 296 families of snoRNAs in 24 species are identified tracing their evolution throughout the plant kingdom. Moreover to find novel snoRNAs and their conservation, plantDARIO webserver and the sophisticated approach are implemented together. As a result 11 novel snoRNA families are identified classified into 9 box C/D snoRNA families and 2 box H/ACA snoRNA families along with their targets.