Establishing membrane mimetics for the mass spectrometric analysis of membrane proteins

Abstract

In dieser Arbeit wurden verschiedene Membranmimetika für die massenspektrometrische Analyse von Membranproteinen etabliert. Hierfür wurden Liposomen und Proteoliposomen unter Verwendung verschiedener Massenspektrometer analysiert. Das Ziel war es Liposomen im Massenspektrometer zu dissoziieren und membran-assoziierte Proteine in die Gasphase freizusetzen. Dies ermöglichte die strukturelle Analyse von Membranproteinen in einer natürlichen Lipidumgebung. Nanodiscs wurden für die chemische Quervernetzung von Membranproteinen in ihrer natürlichen Umgebung etabliert. Diese Experimente zeigen, dass chemisches Quervernetzen von Proteinen, die in Nanodiscs rekonstitutiert wurden, möglich ist. Zusammenfassend zeigt diese Arbeit, dass Liposomen und Nanodiscs wichtige Werkzeuge sind, um Membranproteine und ihre Wechselwirkungen mittels Massenspektrometrie zu analysieren.

In this thesis, membrane mimetics were established for the analysis of membrane proteins by mass spectrometry. For this, liposomes and proteoliposomes were investigated for the mass spectrometric analysis of membrane-associated proteins/peptides. The aim was to dissociate liposomes in the mass spectrometer and release membrane-associated proteins into the gas phase. By employing different mass spectrometers, it was shown that liposomes dissociate into lipid clusters in the gas phase of a mass spectrometer, while proteins and protein-lipid complexes stay intact. Nanodiscs were studied for chemical cross-linking of membrane proteins in their native environment. These experiments show that chemical crosslinking of proteins reconstituted into nanodiscs is possible. In summary, this thesis demonstrates that liposomes and nanodiscs are important tools to analyze membrane proteins and their interactions using different mass spectrometry-based methods.