SpecRat 1.0, a small computer program to study shifts in speciation rates

Abstract

Hagen, K.B. v. 2003: SpecRat 1.0, a small computer program to study shifts in speciation rates. Schlechtendalia 10: 67–63.Um Änderungen der Diversifizierungsrate in einem Stammbaum zu untersuchen, sind mehrere zum Teil komplizierte Verfahren in der Literatur beschrieben worden. In dieser Arbeit wird SpecRat 1.0, ein kleines neues Computerprogramm, beschrieben, das auf einer schon länger bekannten Likelihood-Methode beruht. Es ist in C geschrieben und kann leicht für alle Betriebssysteme kompiliert werden. Die Methode, das Programm, Kontrollparameter und graphische Präsentations-möglichkeiten werden erläutert. Am Ende wird die Anwendung des Likelihood-Verhältnistests beschrieben, der mit den erhaltenen Daten manuell ausgeführt werden muss.

Hagen, K.B. v. 2003: SpecRat 1.0, a small computer program to study shifts in speciation rates. Schlechtendalia 10: 67–63.Shifts in diversification rates along a phylogenetic tree can be evaluated with a number of different sometimes rather complex methods. Here, the features of SpecRat 1.0, a small new computer program, which incorporates a likelihood method described in the literature some time ago are explained. It iswritten in C and should work with most standard compilers. The idea of the method, its implementation in C, the control features and an output option which can be useful for graphical presentation are outlined. It is also explained how the resulting parameters are used to manually calculate final probabilitiesapplying a likelihood ratio test.