Chromosome evolution in grass tribes Aveneae/Poeae (Poaceae): insights from karyotype structure and molecular phylogeny

Abstract

Röser, M., Winterfeld, G., Döring, E. & Schneider, J. 2014: Chromosomenevolution der Gräsertriben Aveneae/Poeae (Poaceae): Einblicke aus Sicht der Karyotypstruktur und molekularen Phylogenie. Schlechtendalia 28: 1–21.Gegenwärtige Methoden der Chromosomenanalyse, insbesondere die physische Kartierung von spezifischen DNA-Sonden in individuellen Chromosomen, sind nützliche Werkzeuge, um evolutionäre Vorgänge in der Chromosomenorganisation zu studieren. Sie ergänzen auf Chromosomenzählungen oder konventionellen Karyotyp-Analysen basierende frühere Studien um wichtige neue Daten. Derartig detaillierte cytogene-tische Informationen sind bis heute nur für etwa 12 der insgesamt 60–70 Gattungen der traditionellen Gräser-Tribus Aveneae verfügbar. Die meisten Studien beschäftigten sich mit der gut untersuchten Gattung Avena, aufgrund der landwirtschaftlichen Bedeutung der kultivierten Saathafer. Weniger vollständig sind die Informationen über die anderen Gattungen, denn einige chromosomale Merkmale sind bei ihnen nicht durchwegs untersucht worden, was Vergleiche erschwert. Zudem sind die Daten relativ verstreut in der Literatur anzutreffen und nicht leicht für systematische oder phylogenetische Fragestellungen verfügbar. Aus diesen Gründen fassen wir diese Daten in einem Übersichtsartikel zur Chromosomen-struktur und -organisation zusammen und werten bzw. re-analysieren sie im Lichte sich entwickelnder neuer phylogenetischer Erkenntnisse, die zu vielfachen Änderungen in der Gattungssystematik der Poeae/Aveneae geführt haben. Daten über Chromosomenzahlen haben wir dabei weniger berücksichtigt. In vielen Fällen erwies sich scheinbar zufällige Verteilung chromosomaler Merkmale als mehrfach unabhängig voneinander erfolgte Veränderung in unterschiedlichen und voneinander unabhängigen phylogenetischen Linien (Parallelismus). Beispiel dafür sind die Zahl der Nukleolusorganisator-Regionen (NORs), das Vorkommen unterschiedlicher Satelliten-DNAs oder die Anordnung und Zusammensetzung des Hetero-chromatins. Andere Aspekte der Chromosomenorganisation, z.B. die Lokalisierung der unterschiedlichen ribosomalen DNAs in speziellen Chromosomen, sind evolutionär relativ konserviert und über multiple Artbildungsereignisse hinweg unverändert erhalten geblieben. Strukturelle Zwänge in der Organisation des Interphasekerns werden hierfür als wahrscheinlichste Erklärung diskutiert. Wesentliche Fortschritte wurden darin erzielt, die nächsten Verwandten von Avena, der wichtigsten Nutzpflanzengattung der Aveneae, zu identifizieren. Avena passt aufgrund ihrer chromosomalen Merkmale sehr gut in die Gruppe von Gattungen hinein, in der sie wegen molekular-phylogenetischer Daten gestellt wird (Arrhenatherum, Helictotrichon s. str. inkl. Pseudarrhenatherum, Tricholemma). Polyploidie, seit langem als wesentliche Antriebskraft der Evolution der Gräser betrachtet, erweist sich als höchst komplizierter Prozess. Wie bereits für die Gattung Avena bekannt, belegen Chromosomenstruktur und Sequenzanalysen der ribosomalen DNA in übereinstimmender Weise auch für Beispiele aus der Gattung Helictochloa, dass es sich bei den meisten Polyploiden um Allopolyploide handelt. Hierbei kann eine Homogenisierung der unterschiedlichen parentalen DNA-Sequenzen eintreten, welche sowohl den Austausch vollständiger Wiederholungseinheiten (repeats) als auch kleinerer Abschnitte umfasst, während die zugehörigen chromosomalen Loci, die von den parentalen Genomen stammen, weitgehend konserviert bleiben. Die Bedeutung detaillierter Daten zur Chromosomenstruktur für zukünftige vergleichende Studien der Gräser-Genome über die Grenzen von Triben und Unterfamilien hinweg wird diskutiert.

Röser, M., Winterfeld, G., Döring, E. & Schneider, J. 2014: Chromosome evolution in grass tribes Aveneae/Poeae (Poaceae): insights from karyotype structure and molecular phylogeny. Schlechtendalia 28: 1–21.Current methods in chromosome analysis, especially the physical mapping of specific DNA probes to individual chromosomes, are useful tools for analyzing evolutionary processes in chromosome organization. They add significant new data to earlier studies based on chromosome counts or conventional karyotyping. This type of more detailed cytogenetic information is available to date for only 12 of the altogether 60–70 genera of the traditional grass tribe Aveneae. By far most studies dealt with the well-studied genus Avena, due to the agricultural significance of the cultivated oats. Information is less complete for the other genera, because some chromosome characters are not consistently known for all of them, which makes comparison difficult. Moreover, information is scattered in the literature and not easily accessible for systematic or phylogenetic work. Thus we summarized and reviewed these data on chromosome structure and organization, while leaving chromosome numbers out of focus, and evaluated or re-analyzed them in the light of an emerging phylogenetic framework leading to many changes in genus-level systematics of Aveneae/Poeae. In many instances the previously seemingly random distribution of chromosome characters is resolved as independent change within different phylogenetic lineages (parallelism), as seen, for example, in the numbers of nucleolar organizing regions, the presence of different satellite DNAs, or the distribution and composition of heterochromatin. Other aspects of chromosomal organization, such as the localization of the different ribosomal DNAs on particular chromosomes, are rather conserved through multiple speciation processes. Constraints in interphase nuclear architecture were invoked as likely explanation. Important progress thus has been made to identify the closest relatives of Avena, the most important crop plant genus. Avena fits the assemblage of genera, in which it is nested on molecular phylogenetic data, also in chromosomal characters (Arrhenatherum, Helictotrichon s. str. incl. Pseudarrhenatherum, Tricholemma). Polyploidy, long considered a driving factor in grass evolution turned out to be highly complicated process. As well-known for the genus Avena, chromosome structure and sequence analysis of ribosomal DNA concur also in examples from the genus Helictochloa by revealing most of its polyploids as allopolyploids, but there is sequence homogenization involving exchange of entire repeat units as well as stepwise, somewhat patchy change, while the corresponding chromosomal sites inherited from the parental genomes remain rather conserved. The value of detailed information on chromosome structure for future comparative studies on grass genomes across tribes and subfamilies is discussed.