NMR-spektroskopische Untersuchungen der Protein-Ligand-Wechselwirkungen von FKBP38 und DnaK

Abstract

Die Dissertation enthält Ergebnisse zu zwei Projekten, in denen Protein-Ligand-Wechselwirkungen mithilfe NMR-spektroskopischer Methoden charakterisiert worden sind. Für das humane Protein FKBP38 wurde die Interaktion mit dem Protein Bcl-2 beschrieben. Die katalytische Domäne des FKBP38 bindet unter Bildung einer Salzbrücke über einen elektrosensitiven Loop an den Liganden. Diese Interaktion konnte zudem über ein Bcl-2-Peptid, welches das Bindeepitop darstellt, nachvollzogen werden. Der b5-a1-Loop interagiert zudem mit Kationen. Diese Wechselwirkung wurde auf struktureller Ebene charakterisiert. DnaK gehört als prototypische Vertreter von Hsp70 uu den Hitzeschockproteinen in E. coli. Von dem natürlichen und peptidischen Inhibitor Pyrrhocoricin wurden bezüglich der Sequenz G3-S4-Y5 Varianten synthetisiert. Es könnte gezeigt werden, dass die optimierten Peptide mit der Sequenz L3-Y4-Z5 die Bindetasche aufgrund einer erhöhten Hydrophobizität und eines größeren Volumens besser ausfüllen.