Skip navigation
Please use this identifier to cite or link to this item: http://dx.doi.org/10.25673/8994
Title: Mass spectrometric methods for measuring dynamic processes, drug-induced effects and target engagement on the cell surface glycoproteome
Author(s): Kalxdorf, Mathias
Advisor(s): Sinz, Andrea
Schutkowski, Mike
Glocker, Michael
Granting Institution: Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg
Issue Date: 2018
Extent: 1 Online-Ressource (168 Seiten)
Type: Hochschulschrift
Exam Date: 26.06.2018
Language: eng
Publisher: Universitäts- und Landesbibliothek Sachsen-Anhalt
URN: urn:nbn:de:gbv:3:4-22989
Keywords: quantitative Proteomik; Plasmamembran-Proteomik; Massenspektrometrie; Thermal Proteome Profiling; isobare Markierung; Tandem-Massenmarkierung
quantitative proteomics; plasma membrane proteomics; mass spectrometry; thermal proteome profiling, isobaric labeling, tandem mass tag
Abstract: Das Plasmamembranproteom ist hochdynamisch und spielt eine entscheidende Rolle in vielen biologischen Prozessen, wodurch dieses Subproteom ein prominentes Ziel für pharmazeutische Eingriffe ist. Darüber hinaus gibt es immer mehr Hinweise auf aktive Mechanismen für die Ein- und Ausschleusung von Wirkstoffen durch membrangebundene Transporter. Daher kann die Expression dieser Proteine die Wirkung von Wirkstoffen beeinflussen und zu Arzneimittelresistenz führen. Ein detailliertes Verständnis der Zusammensetzung des Oberflachenproteoms und dessen Dynamik kann somit einen großen Einfluss auf die Arzneimittelforschung haben. Die Analyse von Zelloberflächenproteinen ist jedoch aufgrund ihrer biochemischen Eigenschaften und ihrer geringen Mengen eine Herausforderung. In dieser Arbeit wurde ein sensitives und selektives Protokoll für die umfassende Identifizierung und Quantifizierung von Zelloberflächenproteinen mittels Massenspektrometrie etabliert. Weiterhin wurde dieses Protokoll mit dem kürzlich beschriebenen Thermal Proteome Profiling (Savitski 2014) kombiniert, um Wirkstoffbindungen an Membranproteinen auf lebenden Zellen zu analysieren.
The plasma membrane proteome is highly dynamic and has crucial roles in many biological processes rendering this subproteome a prominent target for pharmaceutical intervention. Furthermore, there is growing evidence for active drug in- and efflux mechanisms by membrane-bound transporters. Thus, expression of these proteins affects drug-target engagement and can lead to drug resistance. A detailed understanding of the plasma membrane proteome composition and its dynamics can have a significant impact on drug discovery. However, analysis of the cell surface proteome is challenging due to its biochemical properties and low abundance. Here, a sensitive and selective enrichment protocol was established for the comprehensive identification and quantification of cell surface accessible proteins by mass spectrometry. In addition, we combined the recently described thermal proteome profiling (Savitski 2014) enabling target identification and determination of target engagement with our protocol to specifically monitor drug binding to cell surface presented membrane proteins on live cells.
URI: https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/9053
http://dx.doi.org/10.25673/8994
Appears in Collections:Biochemie

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
PhDThesis_Kalxdorf.pdf29.29 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open
Show full item record


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.