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http://dx.doi.org/10.25673/2737
Full metadata record
DC Field | Value | Language |
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dc.contributor.author | Schulz, Daniela Michaela | - |
dc.date.accessioned | 2018-09-24T13:25:01Z | - |
dc.date.available | 2018-09-24T13:25:01Z | - |
dc.date.issued | 2007 | - |
dc.identifier.uri | https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/9522 | - |
dc.identifier.uri | http://dx.doi.org/10.25673/2737 | - |
dc.description.abstract | In dieser Arbeit konnte gezeigt werden, dass die Kombination aus chemischem Cross-Linking - eine Methode zur kovalenten Verknüpfung räumlich benachbarter funktioneller Gruppen von Aminosäuren mittels eines chemischen Reagenzes -, hochauflösender Massenspektrometrie und computergestützten Methoden einen leistungsstarken Ansatz für die strukturelle Charakterisierung von Proteinkomplexen darstellt. Diese Strategie wurde für die Strukturaufklärung des 20 kDa-Calmodulin / Melittin-Komplexes eingesetzt und als Weiterentwicklung auf den 100 kDa-Heterotetramer-Komplex zwischen Annexin A2 (ANXA2) und S100A10 (p11) angewendet. Der ANXA2 / p11-Komplex (A2t) wurde aus der Mucosa des Schweinedünndarms (Sus scrofa) isoliert und gereinigt. Darüber hinaus wurde ein Protokoll auf Grundlage von chemischem Cross-Linking und Massenspektrometrie zur Identifizierung spezifischer A2t Bindungspartner entwickelt. Die Kontaktregionen des Ca2+-abhängigen Komplexes zwischen Calmodulin (CaM) und Melittin und damit die Orientierung von Melittin innerhalb des Komplexes wurden bestimmt. Für die Strukturuntersuchung des Annexin A2 / p11-Tetramers (A2t) wurden isotopenmarkierte Cross-Linking-Reagenzien verwendet, was die Identifizierung von Cross-Linking-Produkten entscheidend vereinfachte. Desweiteren erwies sich die Tandem-Massenspektrometrie (MS/MS) als außerordentlich wichtig für die präzise Lokalisierung der verknüpften Aminosäuren sowie für die eindeutige Zuordnung von Cross-Linking-Produkten. Die Strukturmodelle des ANXA2 / p11-Komplexes favorisieren die in-vivo Bildung eines Oktamers. Die Zuordnung der Cross-Linking-Produkte ist für relativ kleine Proteinkomplexe, wie dem 20 kDa-Komplex zwischen CaM und Melittin, allein anhand der hochgenauen Massen möglich. Es konnte hingegen gezeigt werden, dass für die korrekte Zuordnung der Cross-Linking-Produkte größerer Proteinkomplexe sowohl der Einsatz isotopenmarkierter Reagenzien, als auch der Tandem-Massenspektrometrie von außerordentlicher Wichtigkeit ist. | - |
dc.description.abstract | In the present work, it was demonstrated that chemical cross-linking - the process of covalent attachment of near-neighbor amino acid functional groups - in combination with high-resolution mass spectrometry and computational methods represents a powerful approach for the structural characterization of protein complexes. The strategy was employed for structural characterization of the 20 kDa calmodulin / melittin complex and the established protocol was advanced to elucidate the quaternary structure of the 100 kDa heterotetramer complex between annexin A2 (ANXA2) and p11 (S100A10). The ANXA2 / p11 complex (A2t) was purified from small intestinal mucosa of the pig (Sus scrofa). Moreover, a protocol for the identification of A2t interaction partners based on chemical cross-linking and mass spectrometric analysis was developed. The interacting regions within the calcium-dependent complex between calmodulin (CaM) and melittin, and thus the orientation of melittin within the complex were determined. The spatial organization of the annexin A2 / p11 heterotetramer was scrutinized employing isotope-labeled cross-linking reagents, which facilitated identification of cross-linked products. Tandem mass spectrometry (MS/MS) proved invaluable for an exact localization of cross-linked amino acid residues and for a confirmation of correct cross-linked product assignment. The obtained structural models favour in-vivo formation an octamer. Cross-linked product assignment merely based on exact mass measurements proved feasible for relatively small protein complexes, such as the 20 kDa-complex between CaM and melittin, whereas for larger protein assemblies both the application of isotope-labeled cross-linking reagents and tandem mass spectrometry were indispensable for an unambiguous assignment of cross-linked products. | eng |
dc.description.statementofresponsibility | von Daniela M. Schulz | - |
dc.format.extent | Online-Ressource, Text + Image (kB) | - |
dc.language.iso | eng | - |
dc.publisher | Universitäts- und Landesbibliothek Sachsen-Anhalt | - |
dc.rights.uri | http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/ | - |
dc.subject | Elektronische Publikation | - |
dc.subject | Hochschulschrift | - |
dc.subject | Online-Publikation | - |
dc.subject | Zsfassung in dt. Sprache | - |
dc.subject.ddc | 572.6936 | - |
dc.title | Protein - protein interaction studies by chemical cross-linking and mass spectrometry | - |
dcterms.type | Hochschulschrift | - |
dc.type | PhDThesis | - |
dc.identifier.urn | urn:nbn:de:gbv:3-000012363 | - |
local.publisher.universityOrInstitution | Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg | - |
local.subject.keywords | Annexin A2, Calmodulin, chemisches Cross-Linking, ESI-FTICRMS, MALDI-TOFMS, Massenspektrometrie, Melittin, Protein-Protein-Interaktion, Proteinstruktur, S100A10 | - |
local.subject.keywords | annexin A2, calmodulin, chemical cross-linking, ESI-FTICRMS, MALDI-TOFMS, mass spectrometry, melittin, protein-protein interaction, protein structure, S100A10 | eng |
local.openaccess | true | - |
dc.identifier.ppn | 548414866 | - |
local.accessrights.dnb | free | - |
Appears in Collections: | Hochschulschriften bis zum 31.03.2009 |