Bioinformatics approach for microRNA target prediction and functional analysis

Abstract

MikroRNAs sind kleine endogene RNA-Moleküle, die eine Schlüsselrolle in der Zellentwicklung und in verschiedenen Krankheiten durch post-transkriptionelle Regulation der Genexpression spielen. In dieser Arbeit wurde die Vorhersage von MikroRNA-Ziel-Interaktionen durch die Entwicklung zweier verschiedener Varianten des DIANA-microT-Programms und eines neuartigen, auf probabilistischen Modellen basierenden, Alignment-Algorithmus behandelt. Es wurden durch eine Kombination aus experimentellen und computergestützten Methoden virale MikroRNA-Ziel-Interaktionen mit Genen des Wirtes des Virus analysiert. Weiterhin wurde die Funktion von mikroRNAs durch die Entwicklung eines Programms zur Identifikation von mikroRNAs, die an der differentiellen Expression von Genen beteiligt sind, sowie eines Programms zur Beurteilung der Wirkung von mikroRNAs in Signalwegen untersucht. Ein Web-Server zur Funktionsaufklärung von mikroRNAs wurde entwickelt.