Untersuchungen zur sX13-abhängigen post-transkriptionellen Regulation und Identifikation bisher unbekannter Proteine von Xanthomonas campestris pv. vesicatoria mittels Proteogenomik

Abstract

Xanthomonas campestris pv. vesicatoria (Xcv) ist der Erreger der bakteriellen Fleckenkrankheit auf Paprika und Tomaten. sRNAs sind kleine, regulatorische RNAs, die bspw. die Translation oder Stabilität von Ziel-mRNAs modulieren. In dieser Arbeit wurde u. a. die sRNA sX13 charakterisiert, deren Sekundärstruktur sowie funktionelle Bereiche experimentell ermittelt wurden. Eine vergleichende Proteomanalyse zeigte, dass sX13 die Akkumulation von 142 Proteinen reguliert. Die Funktionen regulierter Proteine waren sehr divers (z. B. Adaptation an Umweltbedingungen und Typ IV-Pilusproteine) und nur selten direkt Virulenz-assoziiert. Infektionsexperimente zeigten, dass sX13 nicht generell zur Virulenz von Xcv beiträgt. Unter Verwendung eines proteogenomischen Experiments wurde weiterhin das Xcv-Genom reannotiert. 126.995 Peptide wurden 2.581 Genen zugeordnet (Genom-Abdeckung ca. 55%). 51 proteinkodierende Gene wurden reannotiert und 29 neue identifiziert.

Xanthomonas campestris pv. vesciatoria (Xcv) is the causal agent of the bacterial spot disease on pepper and tomato. sRNAs are small, regulatory RNAs, which may influence target-mRNAs stability or translation. In the present study the sRNA sX13 was characterized i.a. secondary structure and functional domains were analyzed.. A comparative proteome study showed that accumulation of 142 proteins was regulated by sX13. The regulated proteins had very diverse functions, e. g. adaptation to various environmental conditions and type IV-pilus synthesis and only rarely virulence associated. In the second part, a proteogenomic approach for the refinement of the Xcv genome was performed. 126,995 peptides were mapped onto 2,581 protein-coding genes with 55% coverage, leading to re-annotation of 51 coding sequences and identification of 29 novel genes.