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Please use this identifier to cite or link to this item: http://dx.doi.org/10.25673/2175
Title: Bioinformatics tools for mass spectrometry, phylogenetic footprinting, and the integration of biological data
Author(s): Treutler, Hendrik
Advisor(s): Grosse, Ivo
Morgenstern, Burkhard
Neumann, Steffen
Granting Institution: Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg
Issue Date: 2017
Extent: 1 Online-Ressource (141 Seiten)
Type: Hochschulschrift
Exam Date: 16.11.2017
Language: eng
Publisher: Universitäts- und Landesbibliothek Sachsen-Anhalt
URN: urn:nbn:de:gbv:3:4-21881
Keywords: Phylogenetic Footprinting; Sequenzmotiv; vergleichende Analyse; systematischer Fehler; Datenintegration; biologisches Netzwerk; Datenbank; Metabolomik; Metabolitenfamilie; Isotopenmuster
Phylogenetic Footprinting; sequence motif; comparative analysis; bias; data integration; biological network; database; metabolomics; metabolite family; isotope cluster
Abstract: Diese kumulative Dissertation wurde in Englisch verfasst und beinhaltet sechs Publikationen aus dem Gebiet der Bioinformatik. Das Oberziel dieser Publikationen ist ein Verständnis von biologischen Prozessen auf dem Niveau der Systembiologie zu ermöglichen. Hierzu werden unterschiedliche bioinformatische Softwarewerkzeuge quelloffen und frei verfügbar bereitgestellt. Die sechs Publikationen fallen in die drei Bioinformatik-Teilgebiete (i) “Phylogenetic footprinting”, (ii) “Data Processing and Interpretation of Mass Spectrometry Data” und (iii) “Integration of biological data”. Im Teilgebiet (i) wird die präzise Vorhersage und der objektive Vergleich von Transkriptionsfaktorbindestellen-Motiven behandelt. Im Teilgebiet (ii) wird die Extraktion von Metaboliten-Signalen aus Massenspektrometriedaten und die Auswertung dieser auf dem Level von Metabolitenfamilien behandelt. Im Teilgebiet (iii) wird das Softwarewerkzeug VANTED weiterentwickelt.
This cumulative dissertation is wridden in english and includes six papers from the bioinformatics area. The aim of these papers is an unterstanding of biological processes on the systems biology level. For this purpose I published different open-source, freely available software tools.The six publications are rooted in the three bioinformatics fields (i) “Phylogenetic footprinting”, (ii) “Data Processing and Interpretation of Mass Spectrometry Data”, and (iii) the “Integration of biological data”. In field (i) the precise prediction and objective comparison of transcription factor binding motifs is covered. In field (ii) the extraction of metabolite signals from mass spectrometry data and the analysis of these on the level of metabolite families is covered. In field (iii) the software tools VANTED is developed further.
URI: https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/8947
http://dx.doi.org/10.25673/2175
Appears in Collections:Datenverarbeitung; Informatik

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