Massenspektrometrische Untersuchungen an Peroxisom-Proliferator-aktiviertem Rezeptor alpha

Abstract

Chemisches Cross-Linking gefolgt von einer proteolytischen Spaltung und einer anschließenden massenspektrometrischen Analyse der Cross-Linking-Produkte stellt eine alternative Methode dar, um niederaufgelöste Proteinstrukturen zu erhalten und um Protein-Protein-Interaktionen zu charakterisieren. Die neuentwickelten MS-spaltbaren Cross-Linking-Reagenzien (”Edman-Reagenz“, ”Thioharnstoff-Reagenz“ und ”Harnstoff-Reagenz“) erlauben es, bereits während der Datenaufnahme mit chemischen Cross-Linkern modifizierte, jedoch niederabundante Peptide, innerhalb einer komplexen Mischung bevorzugt zu fragmentieren. In dieser Arbeit wurde anhand des Modellproteins PPARα gezeigt, daß sich die Analytik quervernetzter Peptide mittels datenabhängiger LC/MS-Methoden stark vereinfachen läßt, sodaß sich neben bereits automatisierten Methoden der qualitativen und quantitativen Proteomik auch automatisierte Methoden der strukturellen Proteomik etablieren werden.